• Jedan od najvrednijih i najosjetljivijih dijelova prirodne baštine Republike Hrvatske, Jadransko more, otoci i obalno područje, izloženi su negativnim utjecajima brojnih ljudskih djelatnosti. Iako su zahvaljujući geografskim osobitostima i povijesnim okolnostima još uvijek, u ekološkom pogledu, u daleko boljem stanju od najvećeg dijela Sredozemnog mora, stanje nikako nije zadovoljavajuće.

• Unatoč mnogobrojnim pokušajima izostalo je planiranje i povođenje cjelovitog upravljanja obalnim područjem[46]. Odluke o zahvatima u moru, na otocima i u obalnom kopnenom pojasu donose se bez stručne, znanstvene i društvene procjene kako na lokalnoj tako i na državnoj razini. Očuvanje i zaštita ekološkog sustava mora moguća je jedino na osnovi vrednovanja cijelog područja: društvene, gospodarske i ekološke procjene osobitosti područja s posebnim obzirom na očuvane dijelove priobalja i mora. Na osnovi stručnih analiza treba razvijati strogo određene aktivnosti na pojedinim područjima.

• Zbog nedovoljnog poznavanja, ali i zbog neuvažavanja hidroloških i bioloških osobitosti ekosustava nanesene su teško popravljive štete velikom dijelu sjevernog Jadrana. Samo praćenje koncentracije pojedinih onečišćavala bez ikakve je vrijednosti, ako se ne procjenjuje njihov utjecaj na odnose unutar životnih zajednica te pojedine skupine organizma kao ni biološki utjecaj na njih.

• Gospodarenje obnovljivim biozalihama u hrvatskim teritorijalnim vodama nije u suglasju s utvrđenim zabrinjavajućim stanjem ribljeg fonda. Hrvatsko zakonodavstvo ne prati preporuke međunarodnih stručnih organizacija. Hrvatska ni devet godina nakon osamostaljenja nema Strategiju razvoja ribarstva, koja bi trebala utvrditi ponašanje i osigurati provođenje utvrđenih mjera za očuvanje obnovljivih bioloških zaliha. U hrvatskom teritorijalnom moru ne gospodari se odgovorno ribljim fondom ni ostalim morskim organizmima. Neprestano se mijenjaju propisi i uvode ishitrena ograničenja ili ukidanje postojećih, koja samo trenutno smiruju pojedine grupacije, a ne mogu dugoročno djelovati na oporavak nastalih šteta. Problemi ribarstva ne rješavaju se sustavno, a bez Strategije odgovornog ribarstva Republike Hrvatske nije moguće očekivati ni, dugoročno gledajući, pozitivne pomake, kako u ribarstvu tako i u zaštiti ekološkog sustava Jadranskog mora u cjelini.

• Nacionalni program razvoja otoka veoma je važan i poticajan razvojni dokument koji je prožet principima održivog razvoja. Održivi razvoj je naveden kao osnovni cilj i svrha upravljanja otočnim gospodarstvom i ekološkim sustavom okolnog mora. Iako je tim programom predviđen niz institucija za upravljanje razvojem otoka, nužno je predvidjeti i operativnu mrežu za praćenje, koja se može povezati s posebno zaštićenim područjima, bez koje sva nastojanja u razvoj otoka neće uroditi očekivanim rezultatom.

• Odnos posebno zaštićenih područja kopna i mora nije proporcionalan odnosu ukupne površine kopna i teritorijalnog mora Republike Hrvatske. Od ukupnog državnog teritorija površina posebno zaštićenih područja kopna iznosi 6,4%, a mora samo 0,3%. Prema Strategiji prostornog uređenja Republike Hrvatske (1998.) taj će se odnos još više pogoršati, jer se ne predviđa dovoljno povećanje posebno zaštićenih područja mora.