• Negativan utjecaj vjetroelektrana na šišmiše može se očitovati u gubitku staništa, presijecanju migracijskih koridora, dezorijentaciji šišmiša u letu zbog emisije ultrazvuka, stradavanju zbog direktne kolizije s lopaticama vjetroagregata, a novija istraživanja ukazuju i na mortalitet šišmiša prouzročen barotraumom pluća zbog naglog sniženja tlaka zraka u blizini lopatica vjetroagregata u pokretu.

• Mogući negativni učinci vjetroelektrana na ptice i šišmiše u velikoj mjeri ovise o uvjetima na svakoj individualnoj lokaciji te je osobito važno da se lokacije za vjetroelektrane pažljivo odaberu. U Hrvatskoj se do sada pri odabiru potencijalnih lokacija za izgradnju vjetroelektrana većinom vodilo računa o vjetropotencijalu pojedinih lokacija, a mogući utjecaji na ptice i šišmiše se nisu dovoljno vrednovali, te se nije vodilo računa o kumulativnim učincima postavljanja većeg broja vjetroelektrana na nekom području. Vjetrogeneratore se uglavnom planira postaviti na grebenima brda ili tik ispod njih, to jest na mjestima koja su zbog specifičnih uvjeta (npr. termala) važna za ptice grabljivice, osobito one koje u velikoj mjeri koriste jedrenje kao način leta (npr. orlovi, bjeloglavi supovi). Uz to su grebeni ispod kojih su u tunelu autoceste ili druge prometnice dragocjeni koridori za prelaženje prometnica, a vjetroelektrane ih ometaju svojim postojanjem, radom, bukom i pristupnim cestama. Prema Pravilniku o prijelazima za divlje životinje takova izgradnja nije dozvoljena.

• U studijama utjecaja na okoliš potrebno je cjelovito sagledati mogući utjecaj izgradnje vjetroelektrane na ptice i šišmiše, ali i sve druge vrste na koje utječe gradnja i rad vjetroelektrana.

• Izgradnjom hidroelektrana i akumulacijskih bazena značajno se mijenjaju prirodni tokovi rijeka što negativno utječe na čitav niz staništa i pripadajućih životnih zajednica. Naime, rijeke u svom slijevu podržavaju čitav kompleks različitih vodenih i močvarnih staništa jedinstvene dinamike (od samog toka rijeke i riječnih obala, preko močvarnih staništa i vlažnih livada do poplavnih šuma), te je očuvanje prirodnog toka rijeka uvjet održanja raznolikosti ovih staništa i raznolikosti biljnih i životinjskih vrsta. Za programe i planove provedbe strategije energetskog razvitka (u izradi) potrebno je izraditi stratešku procjenu utjecaja na okoliš, uključujući ocjenu prihvatljivosti za prirodu, kako bi se utvrdilo koje će od planiranih hidrocentrala imati značajan negativan utjecaj na vrste i staništa na području ekološke mreže.

• Posljednjih nekoliko godina o biogorivima se raspravlja na svim nivoima i u okviru raznih sektora, no za biološku raznolikost relevantni su zaključci i odluke donesene u okviru Konvencije o biološkoj raznolikosti, čije je znanstveno tijelo utvrdilo »pozitivne i negativne utjecaje biogoriva na biološku raznolikost u ciklusu od proizvodnje do korištenja«. U biogoriva se ubrajaju različiti proizvodi biljnog i životinjskog porijekla te komunalni otpaci. Iako pobornici biogoriva zagovaraju ista kao čiste izvore energije, protivnici tvrde da biogoriva ugrožavaju biološku raznolikost te proizvode više stakleničkih plinova nego što utječu na njihovo smanjenje (npr. bioetanol iz kukuruza). Također korištenjem određenih kultura i poljoprivrednih površina za proizvodnju biogoriva (npr. repica, kukuruz), smanjuju se površine za proizvodnju hrane. Često se za proizvodnju biogoriva koriste genetski modificirani usjevi te unose strane vrste što je u potpunosti neprihvatljivo za očuvanje biološke raznolikosti. Prisutna je i povećana uporaba kemijskih sredstava radi ubrzanog rasta i proizvodnje usjeva. S razvojem tehnologija i povećanjem korištenja biogoriva potrebno je razvijati i implementirati sustav certificiranja koji omogućuje praćenje podrijetla osnovnih sirovina (GMO, IAS) za biogoriva, te kontrolu održivog korištenja prirodnih resursa (šume, usjevi). Planira se donošenje posebnog zakona o biogorivima do kraja 2008.

• U zaštićenim područjima prirode idealni su uvjeti za provedbu pilot projekata korištenja obnovljivih izvora energije i zamjenu konvencionalnih izvora energije kroz ugradnju solarnih kolektora, uporabu biomase i malih vjetrenjača, posebno za opskrbu energijom planinarskih domova, kuća te skloništa, telemetrijskih protupožarnih stanica, zgrada uprava parkova te druge infrastrukture. Neki objekti nisu priključeni na električnu mrežu, bilo zato što nije izgrađena u blizini ili jer nije bilo dopušteno postavljanje stupova za električnu mrežu, stoga koriste agregate/generatore na pogon fosilnim gorivima čija je upotreba problematična.