• Odjel riječnog prometa vrši poslove ulazno-izlaznog pregleda plovila, obradu i ovjeru prijave odlaska i dolaska plovila, kontrolu i ovjeru dokumenata posade, te s tim u svezi vodi propisane evidencije i baze podataka. Vrši poslove utvrđivanja sposobnosti čamaca za plovidbu i redovni kontrolni pregled čamaca. Vrši poslove nadzora stanja vodnog puta i objekata sigurnosti plovidbe te prikuplja i dostavlja podatke o promjena na vodnom putu. Priprema i izdaje prometno-tehničke suglasnosti za radove i druge aktivnosti na vodnom putu kojima se ograničava plovidba. Sudjeluje prema potrebama u akcijama traganja i spašavanja na unutarnjim vodama i u intervencijama prilikom onečišćenja voda s plovila. Sudjeluje u izradi zakonskih i podzakonskih propisa iz područja sigurnosti unutarnje plovidbe. Koordinira rad lučkih kapetanija iz nadležnosti odjela te obavlja druge stručne poslove utvrđene Zakonom o plovidbi i lukama unutarnjih voda.

• Služba sigurnosti pomorskog prometa nadzire rad lučkih kapetanija u poslovima pomorskog prometa, nadzire rad lučkih kapetanija u poslovima nadzora i upravljanja pomorskom plovidbom, nadzire, prema potrebama, akcije traganja i spašavanja u unutarnjim morskim vodama i teritorijalnom moru Republike Hrvatske, nadzire funkcioniranje i poslovanje državnih institucija i pravnih osoba iz djelokruga sigurnosti plovidbe. Obavlja inspekcijski nadzor i koordinira rad u obavljanju inspekcijskih poslova, sigurnosti plovidbe na moru, inspekcije zaštite mora, inspekcije pomorskog dobra, istražuje pomorske nesreće, nezgode i uzbune zbog pogiblji, i druge inspekcijske poslove po ovlasti koji su utvrđeni posebnim propisima. Upravlja poslovima zaštite mora i podmorja od onečišćenja s brodova, nadzire rad pravnih i fizičkih subjekata u obavljanju aktivnosti vezanih za ronjenje, odnosno pružanje ronilačkih usluga, koordinira rad lučkih kapetanija u obavljanju poslova vezanih za nadzor obavljanja ronjenja te aktivnosti vezanih za ronjenje, kao i poslova vezanih za zaštitu mora i podmorja, nadzire poslove zaštite mora od onečišćenja s brodova i sudjeluje u radu nadležnih tijela obuhvaćenih planom intervencija kod iznenadnog onečišćenja mora. Surađuje i prati rad međunarodnih organizacije na poslovima sigurnosti plovidbe i zaštite od onečišćenja s brodova, sudjeluje u izradi zakonskih i podzakonskih propisa iz područja pomorskog prometa, sigurnosti plovidbe i zaštite mora od onečišćenja s brodova, te ronjenja.

• Za obavljanje poslova Službe sigurnosti pomorskog prometa ustrojavaju se odjeli:

• Odjel inspekcijskih poslova obavlja inspekcijski nadzor i koordinira rad u obavljanju inspekcijskih poslova sigurnosti plovidbe na moru, inspekcije zaštite mora, inspekcije pomorskog dobra. Provodi i koordinira pomorsku sigurnosnu istragu i upravnu istragu, odnosno istražuje pomorske nesreće, nezgode i uzbune zbog pogiblji, podnosi izvješće te predlaže mjere. Nadzire primjenu propisa vezanih za sigurnosnu zaštitu brodova i luka (ISPS kod) i druge inspekcijske poslove po ovlasti koji su utvrđeni posebnim propisima. Prati stanje sigurnosti plovidbe, sigurnosne zaštite i zaštite mora, te predlaže mjere za unaprjeđenje. Koordinira rad inspekcija drugih tijela u sveobuhvatnoj zaštiti Jadranskog mora, otoka i priobalja. Surađuje i prati rad međunarodnih tijela iz područja sigurnosti plovidbe i zaštite okoliša i predlaže mjere za unaprjeđenje sigurnosti plovidbe brodova. Organizira sustavno osposobljavanje inspektora u Upravi i područnim jedinicama.

• Odjel sigurnosti plovidbe nadzire rad lučkih kapetanija u poslovima pomorskog prometa, nadzire rad lučkih kapetanija u poslovima nadzora i upravljanja pomorskom plovidbom, koordinira, prema potrebama, akcije traganja i spašavanja u unutarnjim morskim vodama i teritorijalnom moru Republike Hrvatske, nadzire funkcioniranje meteorološke službe na brodovima, nadzire rad Hrvatskog registra brodova, nadzire rad Plovputa na poslovima održavanja i obilježavanja pomorskih plovnih putova u unutrašnjim vodama i teritorijalnom moru Republike Hrvatske i održavanja radio službe, nadzire rad Hrvatskog hidrografskog instituta u obavljanju hidrografske službe, osigurava provođenje domaćih i međunarodnih propisa iz područja sigurnosti plovidbe, te predlaže mjere, surađuje s pomorskim brodarima i pomorskim lukama na poslovima sigurnosti plovidbe, surađuje s Međunarodnom pomorskom organizacijom (IMO) na poslovima sigurnosti plovidbe i sudjeluje u izradi zakonskih i podzakonskih propisa iz područja pomorskog prometa, službe sigurnosti plovidbe.

• Odjel za zaštitu mora, podmorja i ronilaštvo upravlja poslovima zaštite mora i podmorja od onečišćenja s brodova, nadzire rad pravnih i fizičkih subjekata u obavljanju aktivnosti vezanih za ronjene, odnosno pružanje ronilačkih usluga, nadzire rad lučkih kapetanija u obavljanju poslova vezanih za nadzor obavljanja ronjenja te aktivnosti vezanih za ronjenje, kao i poslova vezanih za zaštitu mora i podmorja, nadzire poslove zaštite mora od onečišćenja s brodova i sudjeluje u radu nadležnih tijela obuhvaćenih planom intervencija kod iznenadnog onečišćenja mora, surađuje s pomorskim brodarima i pomorskim lukama na poslovima zaštite mora od onečišćenja s brodova, surađuje s Međunarodnom pomorskom organizacijom (IMO), prati implementaciju domaćih i međunarodnih propisa iz područja ronjenja i zaštite mora i podmorja, nadzire primjenu domaćih i međunarodnih propisa vezanih za obavljanje ronjenja i zaštitu mora i podmorja poglavito od onečišćenja s brodova.