• Kabinet ministra obavlja administrativne, stručne i protokolarne poslove za ministra i državne tajnike, poslove u svezi doticaja i komunikacije s Hrvatskim saborom, Vladom Republike Hrvatske i drugim tijelima državne uprave te pravnim osobama koje imaju javne ovlasti, koordiniraju poslovi sa Samostalnim odjelom za odnose s javnošću, poslove u svezi s evidencijom i pohranom povjerljive pošte, normativno-pravne poslove u svezi davanja primjedbi i mišljenja na prijedloge zakona i drugih propisa, daje stručna mišljenja u svezi s provedbom zakona i drugih propisa, prati provedbu zakona i drugih propisa te predlaže njihovu izmjenu i dopunu, te druge stručne i administrativne poslove u svezi s ostvarivanjem programa rada i djelovanja ministra i državnih tajnika.

• Služba za unutarnju reviziju provodi unutarnje revizije za cjelokupno Ministarstvo, te daje objektivno stručno mišljenje i ima savjetodavnu ulogu u cilju poboljšanja poslovanja Ministarstva. Služba procjenjuje sustave, procese i sustav unutarnjih kontrola na temelju upravljanja rizicima, provodi unutarnje revizije u skladu s najboljom strukovnom praksom i standardima unutarnje revizije usklađenim s Međunarodnim standardima unutarnje revizije i kodeksom strukovne etike unutarnjih revizora, testira, analizira i ocjenjuje sve poslovne funkcije iz nadležnosti Ministarstva, obavlja revizije informacijskih sustava, financijske revizije i revizije uspješnosti poslovanja i daje preporuke ministru u svrhu postizanja veće učinkovitosti i djelotvornosti sustava, izrađuje strateške i operativne planove revizije, obavlja posebne revizije na zahtjev ministra ili prema potrebi, obavlja reviziju o korištenju sredstava Europske unije i drugih međunarodnih organizacija i institucija, izrađuje izvješća o obavljenoj unutarnjoj reviziji koja podnosi ministru, prati provedbe preporuka navedenih u izvješćima iz prethodno obavljenih revizija, izrađuje periodična i godišnja izvješća o radu Službe i dostavlja ih nadležnim institucijama i osobama u skladu s važećim propisima, surađuje s Upravom za harmonizaciju unutarnje revizije i financijske kontrole što uključuje i obvezu dostave strateških i godišnjih planova, te godišnjeg izvješća toj Upravi, prati i predlaže stalnu edukaciju unutarnjih revizora u skladu s Međunarodnim standardima unutarnje revizije, procjenjuje praćenje preporuka Državnog ureda za reviziju. Služba u svom radu djeluje samostalno i odgovorna je ministru.

• Odjel za reviziju sustava poslovanja i podrške poslovanju provodi unutarnje revizije svih poslovnih procesa i sustava, revizije usklađenosti poslovanja sa zakonima i drugim provedbenim propisima te s aktima Ministarstva, revizije uspješnosti poslovanja i financijske revizije za cjelokupno Ministarstvo. Procjenjuje financijske i operativne procedure te pruža stručno mišljenje i preporuke o provedbi i poboljšanju kontrolnog okruženja. Provjerava ekonomičnost i učinkovitost korištenja imovine. Procjenjuje prikladnost i djelotvornost sustava unutarnjih kontrola u svrhu upravljanja rizicima poslovnih sustava i procesa koji ih podržavaju. Sudjeluje u izradi strateških i godišnjih planova Službe, na osnovu kojih izrađuje planove pojedinačnih revizija, te periodična i godišnja izvješća. Prati provedbu preporuka navedenih u izvješćima iz prethodno obavljenih revizija. Prati i predlaže stalnu edukaciju unutarnjih revizora Odjela u skladu s Međunarodnim standardima unutarnje revizije.

• Odjel za reviziju EU fondova i informacijskih sustava provodi unutarnje revizije administracije, financijskog i tehničko-upravljačkog sustava programa i projekata koje u cijelosti ili djelomično financira Europska unija. Obavlja pojedinačne unutarnje revizije procjene sustava unutarnjih kontrola u korištenju sredstava Europske unije procjenjujući točnost i pouzdanost financijskih transakcija i podataka vezanih za korištenje financijskih sredstava programa Europske unije. Utvrđuje razinu usuglašenosti s važećim zakonima i propisima u zemlji te procedurama koje zahtijeva Europska unija. Svojim stručnim mišljenjem pridonosi zaštiti financijskih interesa Europske unije. Obavlja unutarnje revizije komunikacijske tehnologije i sigurnosti informacijskih sustava Ministarstva i procjenjuje njihovu pouzdanost i adekvatnost u cilju smanjenja rizika koji proizlaze iz intenzivne uporabe informacijskih sustava kao važne podrške odvijanju i unapređenju poslovnih procesa i poslovanja uopće. Sudjeluje u izradi strateških i godišnjih planova službe, izrađuje izvješća o obavljenim unutarnjim revizijama Odjela te periodična i godišnja izvješća. Prati provedbu preporuka iz prethodno obavljenih revizija. Prati i predlaže stalnu edukaciju unutarnjih revizora Odjela u skladu s Međunarodnim standardima unutarnje revizije.

• Samostalni odjel za europske integracije i prometnu politiku obavlja poslove pripreme i objedinjavanja dokumenata za područja u nadležnosti Ministarstva, a posebno u okviru suradnje u međunarodnim tijelima iz područja prometa kao cjeline, između ostalih poglavito CEMT, tj. Europske konferencije ministara prometa, kao i pripreme strateških dokumenata za potrebe pristupanja Republike Hrvatske EU, bilateralne suradnje u okviru međudržavnih odbora za gospodarsku suradnju, kao i drugih oblika suradnje s pojedinim zemljama iz područja prometa, priprema hrvatskog diplomatskog osoblja za rad u DKP-ima i suradnja sa stranim diplomatskim predstavništvima, suradnja s međunarodnim financijskim institucijama i sl. Odjel obavlja poslove u vezi s provedbom Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju Republika Hrvatska – Europske zajednice, na temelju Izvješća EK o napretku Republike Hrvatske u procesu pridruživanja EU prioritetima danim u Pristupnom partnerstvu svake godine priprema se i objedinjava Nacionalni program Republike Hrvatske za pridruživanje Europskoj uniji u dijelu koji se odnosi na područje djelokruga Ministarstva, koordinira sudjelovanje u pretpristupnim programima pomoći Zajednice, sudjeluje u organizaciji procesa usklađivanja zakonodavstva Republike Hrvatske sa zakonodavstvom Europske unije (acquis communautaire). Sudjeluje u pregovorima o članstvu iz područja poglavlja 1. Sloboda kretanja roba, poglavlja 3. Pravo nastana i sloboda pružanja usluga, poglavlja 10. Informacijsko društvo i mediji, poglavlja 14. Prometna politika, i poglavlja 21. Transeuropske mreže, a također se pripremaju i dokumenti za potrebe preostalih poglavlja pregovora. Obavljaju se i poslovi koji proizlaze iz pregovora: analitički pregled i ocjena usklađenosti zakonodavstva (screening), pogotovo u području prometa i izrađuju izvješća o tijeku pregovora, vrše se pripreme za rad radnih skupina za transeuropske mreže i radnih skupina za prometnu politiku za pripremu pregovora te se vrši tehnička priprema prijedloga pregovaračkih stajališta, tehnički priprema sastanke pregovaračke skupine sa predstavnicima EU, priprema i distribuira materijale i podatke.

• Odsjek za međunarodnu suradnju i prometnu politiku prati rad međunarodnih foruma prometne suradnje, izvršavanje obveza koje proizlaze iz članstva u tim tijelima, priprema dokumente bilateralne suradnje za potrebe Ministarstva (i drugih delegacija koje sudjeluju u bilateralnim susretima, a obuhvaćaju više od jedne prometne grane), međudržavnih odbora za gospodarsku suradnju, te drugih oblika bilateralne suradnje za tijela državne uprave, Ured Predsjednika Republike Hrvatske, Vlade Republike Hrvatske, Hrvatski sabor i dr. Sudjeluje u pripremama za sklapanje bilateralnih sporazuma o pojedinim prometnim područjima, te u nužnom postupku izmjene svih sklopljenih bilateralnih sporazuma sa zemljama članicama Europske unije i zemljama kandidatima. Priprema i objedinjava dokumente strateške prometne politike za cjelinu prometne djelatnosti, surađuje s drugim tijelima državne uprave na način da prikuplja i objedinjava podatke koji se odnose na područje nadležnosti Ministarstva. Radi na jedinstvenim dokumentima koji se traže od Ministarstva, ne samo za međunarodnu suradnju, nego i za objedinjavanje podataka prema drugim tijelima uprave u Republici Hrvatskoj.